En la cripta arzobispal, fueron enterrados la mayoría de arzobispos de nuestra ciudad, empezando por Gerónimo de Loayza, primer arzobispo de Lima, en el año 1575. También encontramos los restos de un virrey del Perú: Melchor Antonio Portocarrero Lasso de la Vega, quien murió en 1705, el famoso “brazo de plata”, junto a su esposa Antonia Ximenez de Urrea, viuda de Portocarrero.
En la segunda sala, se encuentra el parbulario, donde se enterraban a los bebés que morían en cantidades debido a las enfermedades.
Aquí fue donde, durante la realización de trabajos, se encontraron los restos de Francisco Pizarro en 1977 junto a los de Grimanesa Toribio de Mogrovejo.
Originalmente aquí se hacía misa por el alma de los difuntos.
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